martes, 19 de abril de 2016

¿Es el hologenoma pseudociencia?


Ya os adelanto que por mi parte, pienso que lejos de serlo...incluso quizás sea el heredero del actual concepto de "genoma"

Os dejo el vídeo a mi última charla de Naukas Bilbao:

Bien, en el vídeo queda claro que un endosimbionte no es una bacteria del microbioma, pero como todo en biología...las definiciones van variando sus fronteras casi siempre alejándose del antropocentrismo.  Pues bien, ahora os animo a leer mi última colaboración en Naukas.es



Aquí tenéis el LINK para leerlo.


También os animo a leer los comentarios que hay en dicha entrada, porque pienso que aportan bastante al tema que discutimos.

En los próximos días espero poder escribir más sobre el tema, que aunque parece nuevo...no deja de recordarme a la ya añeja lucha entre reduccionistas y holistas, desde la ecología a la medicina...


miércoles, 30 de marzo de 2016

Transmisión de virus no patógenos por trasplantes fecales.




Los transplantes fecales comenzaron  a  ser usados  hace tiempo (1950), pero es desde no hace tanto, que les hemos empezado a dar más uso. Las razones son entre otras, que sabemos más de técnicas de taxonomía bacteriana para poder aplicar el transplante con más control. Y la principal razón de uso es la gran eficacia contra enfermedades gastrointestinales, como por ejemplo las diarreas crónicas causadas por Clostridium difficile, con un índice de curación cercano al 90% (algo de lo que se habló en el blog desde otra perspectiva).
Los donantes fecales pasan varios controles, al igual que otros donantes como los de sangre. Sin embargo hay algo en lo que no se había pensado...y es en la transmisión de virus no patógenos.  Los virus no patogénicos forman parte de nuestro organismo sin causar enfermedades, os animo a ver las conferencias del último evento Naukas sobre virus,  Estos virus viven tanto de forma independiente como integrados en nuestro genoma o incluso en el de las bacterias del microbioma humano, dando forma al llamado "viroma humano".
Con el transplante fecal pasan por lo tanto muchos virus no patogénicos de donante a paciente,  el estudio publicado en journal of the American Society for Microbiology, habla de como las comunidades de virus son transportadas durante el transplante fecal.

Se estudiaron tres niños que padecían colitis ulcerosa crónica tratados con materia fecal de un donante sano.  Se miró la presencia de familias víricas antes, durante y después del tratamiento
Familias de bacteriophago presentes
 http://mbio.asm.org/content/7/2/e00322-16/F1.expansion.html

Lo primero que pudieron comprobar los investigadores era que no se transmitían virus animales, sólo se observó la presencia de virus que afectan a bacterias (bacteriofagos). También se observó la persistencia de los virus transmitidos por el donador o los que tiene el paciente.
mbio.gaia.net/content/7/2/e00322-16/F2.expansion.html

Ambos pacientes se encontraban en remisión y con buen pronóstico tras el tratamiento. La preocupación que puede existir tras este descubrimiento se basa en que los bacteriófagos pueden portar fragmentos de ADN que confieran capacidades tóxicas o resistencia a antibióticos a las bacterias, ¿os acordáis del problema con la soja alemana del que se acusó al pepino español? En cualquier caso los investigadores también dicen que es un problema menor si se lo compara con la hipotética situación en la que se transmitiesen virus animales....

Es más, os digo algo a título personal.  Es posible que los causantes de la recuperación no sean sólo bacterias que pertenecen a una comunidad microbiana intestinal sana y rica en biodiversidad. Es posible que los virus que viven en el intestino tengan mucho que decir al respecto de esta recuperación. Y es que un ecosistema complejo a más diverso más estable y sano...

jueves, 24 de marzo de 2016

La SEM imparte el primer curso online de Microbiología vía Twitter #microMOOCSEM



Vuelvo a la acción y espero que sea el comienzo de una nueva época de productividad microbiológica.  En esta ocasión lo hago nada más y nada menos que participando como profesor en el primer curso en línea ofrecido por una sociedad científica vía twitter MOOC (curso online masivo abierto) vamos, que es gratis y sólo necesitáis acceder a twitter para verlo.

El artífice tras esta idea es Ignacio López-Goñi, Catedrático de Microbiología de la Universidad de Navarra.  

La noticia ha llegado a webs como Investigación Y Ciencia, también One Magazine o a las plataformas de varias universidades como por ejemplo la de la Universidad de Sevilla.  A continuación os copio el texto oficial del curso:

La Sociedad Española de Microbiología imparte el primer curso online de Microbiología vía Twitter

Veintinueve profesores e investigadores de 20 universidades y centros de investigación van a colaborar para impartir el primer curso mundial online gratuito vía Twitter sobre microbiología. La iniciativa está coordinada y organizada por el grupo de Docencia y Difusión de la Microbiología de la Sociedad Española de Microbiología (SEM). De esta forma la SEM es la primera sociedad científica del mundo que organiza un curso a través de esta red social.

Con un lenguaje sencillo, divulgativo y muy visual, el objetivo es llegar a mucha gente distinta y difundir conceptos y nociones básicas sobre microbiología. Está dirigido sobre todo a alumnos de bachillerato, profesores de secundaria, universitarios, profesionales de las ciencias, periodistas científicos y público en general.

La iniciativa consiste en impartir clases de microbiología vía Twitter. Estas “clases” son un conjunto de 30-40 tweets de contenido microbiológico. De esta forma se comparten contenidos, webs, links, noticias, imágenes, vídeos, .. sobre temas científicos relacionados con el mundo de la microbiología. Las “clases” durarán alrededor de media hora y se enviarán a una hora y día de la semana concretos. Los “alumnos” se convocan a través de las redes sociales. Cada día se tratará un tema distinto, desde qué es un virus hasta la malaria o la resistencia a los antibióticos.

En conjunto constituye todo un curso online masivo gratuito (MOOC, massive online open course) vía Twitter y lo puede seguir cualquier persona con una cuenta de Twitter. Para ello solo hace falta conectarse a Twitter el día y a la hora señalados y seguir la “clase” con la etiqueta #microMOOCSEM. Las “clases” se enviarán través de la cuenta de Twitter de la SEM @SEMicrobiologia.


El curso comenzará el martes 5 de abril y se impartirán los martes, miércoles y jueves a las 22 h (hora española) hasta el jueves 2 de junio:



Las “clases” quedarán luego recogidas en la dirección de internet

Universidades y centros participantes: Universidad de Barcelona, Universidad de Navarra, Universidad de Alicante, Universidad de Cantabria, Universidad Complutense de Madrid, Universidad Miguel Hernández, Universidad del País Vasco, Universidad de Granada, Universidad de Málaga, Universidad de León, Universidad de Valencia, Universidad de Sevilla, Universidad de Santiago de Compostela, Universidad de Zaragoza, Universidad Autónoma de Barcelona, Instituto Español de Oceanografía, Centro Superior de Investigación en Salud Pública-Fundación FISABIO, Hospital Doce de Octubre-CNIO, Centro Nacional de Microbiología, Massachusetts General Hospital de Boston (EE.UU.).

Para más información contactar con el coordinador del curso Ignacio López-Goñi (ilgoni@unav.es / @microbioblog)


domingo, 14 de febrero de 2016

Jubila tu teléfono móvil (celular) y hazlo científico.




Seguro que tienes en casa algún viejo teléfono o tablet, olvidado en un cajón... Pues bien, ¿qué te parecería usarlo para salvar a la humanidad?  

Básicamente tienes que instalarle la aplicación de Boinc@home para android, la puedes encontrar facilmente en google play store.    En mi caso como tenía mi viejo Huawei G510 limpio y con una ROM cocinada de Android 5.1.1 la cosa básicamente consistió en bajar, instalar y configurar para que la aplicación ejecutase los dos núcleos del SoC y toda la potencia del teléfono sin restricciones. Piensa que la aplicación viene pre-configurada para que sólo funcione cuando el teléfono está enchufado y sin ejecutar nada. Pero en mi caso como es un teléfono que no utilizo he preferido configurar para que se aproveche al máximo.

En Boinc podéis encontrar muchos proyectos de investigación a los que ayudar, tanto con vuestros móviles como con vuestros ordenadores.  Yo he seleccionado tres, pero os animo a investigar.

Defiende el planeta de una extinción...ayuda a los detectores a calcular rutas y marcar meteoritos, cometas y otros pedruscos peligrosos   Asteroids@home.

Einstein,  busca Pulsars...y pronto ayuda en el tema de las ondas gravitatorias con LIGO y esperemos que otras muchas estaciones Einstein@home.

¿Tu teléfono tiene sensores de movimiento? Ya sabéis...acelerómetros y toda la pesca...¡Pues puedes convertirlo en una estación sísmica!  QCN Stanford.




lunes, 3 de agosto de 2015

Algunas noticias (Links)


Algunos enlaces de interés.

He publicado un artículo sobre taxonomía microbiana y sus problemas en el Cuaderno de Cultura Científica, podéis leerlo pulsando aquí.
Es un texto sencillo y en el comento parte de la problemática a la que me he enfrentado en los último años en mi ya, antiguo laboratorio.


Además en mi perfil de ResearchGate podéis encontrar las últimas cosas publicadas.

El trabajo fin de Grado sobre taxonomía:
 AISLAMIENTO Y CARACTERIZACIÓN DE BACTERIAS METILOTROFAS DE PIGMENTACIÓN ROSA.

El desarrollo en colaboración con @shagaiyo de una herramienta para el análisis de archivos fasta:
Manual de Usuario de CleanFasta  

El último poster para el congreso de la SEFIN:
Study of diazotrophic bacteria isolated from rice fields of the Guadalquivir marshes


Los archivos asociados como dataset a todo ello podéis encontrarlos fácilmente en la misma RG, y si no...¡preguntad sin problema!

Por último os cuento que una de mis fotos fue Foto del día a nivel mundial de la ASM (American Society for Microbiology)


Por cierto, estoy buscando trabajo en Amsterdam... ¡no dudéis en avisar si sabéis de algo!

jueves, 28 de mayo de 2015

Cien mil Myxococcus xanthus VS 10 millones de Escherichia coli, un genocidio bacteriano.

No es la primera vez que hablamos en el blog sobre M. xanthus, pero aún así este vídeo bien merece una nueva entrada.  M. xanthus es capaz de organizarse de una forma alucinante, tanto que se la compara con una manada de lobos... mirad el vídeo:


Como podéis ver M. xanthus va avanzando en todas direcciones hasta dar con la enorme colonia de E. coli, una vez la 've' el comportamiento cambia totalmente generando un nuevo tipo de movimiento en oleadas, cada oleada es un ataque coordinado y certero contra el que poco puede hacer el microorganismo presa.

Si te interesan los microoganismos depredadores, puedes leer también esta entrada que escribí para Naukas.

Si tienes curiosidad por el tipo de movimiento de las bacterias, te recomiendo esta otra.

viernes, 27 de marzo de 2015

Islas Petri



Llevo varios meses casi más de un año de ausencia crónica, tanto en el blog como en las redes sociales, y quería pediros disculpas.... Y dar alguna explicación.

Hace ya dos años estuvimos apunto de publicar una nueva especie de bacteria metilotrofa,  sin embargo las cosas se torcieron y en lo que podría ser catalogado de odisea todo terminó saliendo como no debería.  Y no sólo en el laboratorio, también las cosas se complicaron para mi en el terreno educativo al extinguirse mi plan de estudios y verme atrapado entre la espada y la espada.

Han sido dos años o más, la verdad he perdido la cuenta, de estrés luchas y decepciones... Pero aquí sigo, peleando y recuperando todo el terreno que perdí.  Lo he pasado mal, he agotado mi cuerpo y mi mente. He abandonado no sólo el mundo digital con sus blogs y juegos, también me he alejado de mis amigos..todo en una locura, un sálvese quien pueda en el que yo era el único que corría peligro.

Pero para mi todos vosotros, desde naukas a twitter, desde la SEM, al biocarnaval o facebook...todos habéis sido muy importantes, puedo asegurar con total certeza que no habría llegado a lo que he llegado sin vuestra presencia y apoyo. Por eso quería pediros perdón.

Siento el abandono y el descuido al que os he sometido, y espero que pronto pueda recuperar esta faceta mía que tantas alegrías me ha dado.  

Mientras tanto, seguiré luchando para descifrar y resolver los problemas que ocultan mis placas de Petri. Seguiré enamorado de la ciencia aunque a veces no me corresponda. Y sobretodo lucharé para demostrar que las limitaciones se pueden superar, que ello sirva a otros con mis problemas de fuente de energías.  Y para devolver todo lo que me han dado...tantos y tantas.


Para que no todo sean palabras os voy a dejar una serie de fotos de esas que tanto me gusta hacer en el laboratorio.






Las Islas Petri. 
   En los mares de la carboximetil celulosa se elevaban grandes y boscosas islas tropicales. De aspecto volcánico con su verdes y escarpados acantilados siempre precedidos de esas suaves planicies que como lenguas de magma verde oscuro terminaban en playas ocultas bañadas por las olas del mar. 


 El atardecer paradisiaco teñía las aguas de pálida y anaranjada luz, la espuma blanca que rodea la linea de playa sólo es interrumpida por el reflejo de las cimas más altas en el mar... Esperan a cualquier naufrago perdido, para darle esperanzas y un suelo en el que descansar. Más no son sólo islas en un mar de carboximetil celulosa y agar... Son seres vivos, son seguramente hongos filamentosos según comenta mi amiga Biónica...  Crecen lanzando sus casi invisibles filamentos y tiñéndolos de pigmentos para proteger a sus hijos de la luz, forman estructuras de supervivencia y las liberan al medio en forma de esporas. Esporas formadas de los productos de la propia isla, así como un naufrago construye su balsa con la madera y las grandes hojas...Estos hongos inician su aventura sin brújula ni estrellas que les guíen...como náufragos del viento a la espera de un lugar donde crecer como islas salvajes.