lunes, 3 de agosto de 2015

Algunas noticias (Links)


Algunos enlaces de interés.

He publicado un artículo sobre taxonomía microbiana y sus problemas en el Cuaderno de Cultura Científica, podéis leerlo pulsando aquí.
Es un texto sencillo y en el comento parte de la problemática a la que me he enfrentado en los último años en mi ya, antiguo laboratorio.


Además en mi perfil de ResearchGate podéis encontrar las últimas cosas publicadas.

El trabajo fin de Grado sobre taxonomía:
 AISLAMIENTO Y CARACTERIZACIÓN DE BACTERIAS METILOTROFAS DE PIGMENTACIÓN ROSA.

El desarrollo en colaboración con @shagaiyo de una herramienta para el análisis de archivos fasta:
Manual de Usuario de CleanFasta  

El último poster para el congreso de la SEFIN:
Study of diazotrophic bacteria isolated from rice fields of the Guadalquivir marshes


Los archivos asociados como dataset a todo ello podéis encontrarlos fácilmente en la misma RG, y si no...¡preguntad sin problema!

Por último os cuento que una de mis fotos fue Foto del día a nivel mundial de la ASM (American Society for Microbiology)


Por cierto, estoy buscando trabajo en Amsterdam... ¡no dudéis en avisar si sabéis de algo!

jueves, 28 de mayo de 2015

Cien mil Myxococcus xanthus VS 10 millones de Escherichia coli, un genocidio bacteriano.

No es la primera vez que hablamos en el blog sobre M. xanthus, pero aún así este vídeo bien merece una nueva entrada.  M. xanthus es capaz de organizarse de una forma alucinante, tanto que se la compara con una manada de lobos... mirad el vídeo:


Como podéis ver M. xanthus va avanzando en todas direcciones hasta dar con la enorme colonia de E. coli, una vez la 've' el comportamiento cambia totalmente generando un nuevo tipo de movimiento en oleadas, cada oleada es un ataque coordinado y certero contra el que poco puede hacer el microorganismo presa.

Si te interesan los microoganismos depredadores, puedes leer también esta entrada que escribí para Naukas.

Si tienes curiosidad por el tipo de movimiento de las bacterias, te recomiendo esta otra.

viernes, 27 de marzo de 2015

Islas Petri



Llevo varios meses casi más de un año de ausencia crónica, tanto en el blog como en las redes sociales, y quería pediros disculpas.... Y dar alguna explicación.

Hace ya dos años estuvimos apunto de publicar una nueva especie de bacteria metilotrofa,  sin embargo las cosas se torcieron y en lo que podría ser catalogado de odisea todo terminó saliendo como no debería.  Y no sólo en el laboratorio, también las cosas se complicaron para mi en el terreno educativo al extinguirse mi plan de estudios y verme atrapado entre la espada y la espada.

Han sido dos años o más, la verdad he perdido la cuenta, de estrés luchas y decepciones... Pero aquí sigo, peleando y recuperando todo el terreno que perdí.  Lo he pasado mal, he agotado mi cuerpo y mi mente. He abandonado no sólo el mundo digital con sus blogs y juegos, también me he alejado de mis amigos..todo en una locura, un sálvese quien pueda en el que yo era el único que corría peligro.

Pero para mi todos vosotros, desde naukas a twitter, desde la SEM, al biocarnaval o facebook...todos habéis sido muy importantes, puedo asegurar con total certeza que no habría llegado a lo que he llegado sin vuestra presencia y apoyo. Por eso quería pediros perdón.

Siento el abandono y el descuido al que os he sometido, y espero que pronto pueda recuperar esta faceta mía que tantas alegrías me ha dado.  

Mientras tanto, seguiré luchando para descifrar y resolver los problemas que ocultan mis placas de Petri. Seguiré enamorado de la ciencia aunque a veces no me corresponda. Y sobretodo lucharé para demostrar que las limitaciones se pueden superar, que ello sirva a otros con mis problemas de fuente de energías.  Y para devolver todo lo que me han dado...tantos y tantas.


Para que no todo sean palabras os voy a dejar una serie de fotos de esas que tanto me gusta hacer en el laboratorio.






Las Islas Petri. 
   En los mares de la carboximetil celulosa se elevaban grandes y boscosas islas tropicales. De aspecto volcánico con su verdes y escarpados acantilados siempre precedidos de esas suaves planicies que como lenguas de magma verde oscuro terminaban en playas ocultas bañadas por las olas del mar. 


 El atardecer paradisiaco teñía las aguas de pálida y anaranjada luz, la espuma blanca que rodea la linea de playa sólo es interrumpida por el reflejo de las cimas más altas en el mar... Esperan a cualquier naufrago perdido, para darle esperanzas y un suelo en el que descansar. Más no son sólo islas en un mar de carboximetil celulosa y agar... Son seres vivos, son seguramente hongos filamentosos según comenta mi amiga Biónica...  Crecen lanzando sus casi invisibles filamentos y tiñéndolos de pigmentos para proteger a sus hijos de la luz, forman estructuras de supervivencia y las liberan al medio en forma de esporas. Esporas formadas de los productos de la propia isla, así como un naufrago construye su balsa con la madera y las grandes hojas...Estos hongos inician su aventura sin brújula ni estrellas que les guíen...como náufragos del viento a la espera de un lugar donde crecer como islas salvajes.












jueves, 27 de noviembre de 2014

Guía rápida sobre Geles de Agarosa


(No pretendo sentar cátedra sobre el tema, del que soy un ignorante si me comparo con quienes me han enseñado, así que sirva este post como una guía para llegar al cátodo y no quedar atrapado en el entramado polimerizado)
Soy un gel zoooombieee 
Presumimos de ser personas racionales, científicos que no hacen nada sin tener un motivo... Sin embargo,  ¿cuántas veces haces cosas porquesí"
Comer XXXX esto en la cena es malo, te dará una indigestión. Ese zumo te curará el resfriado, el gel de agarosa hay que ponerlo a poco voltaje,  eh! cuidado con la sal...que da mala suerte. Bah, la campana de flujo se puede usar entera, lo de la linea en la mitad es un mito...
En fin, ya sabéis por dónde voy...  Así que hagámoslo más simple, ¡que para complicaros la vida ya tendréis los papers!

Concentración del gel
Los protocolos hablan de rangos de 0.3% a 4% dependiendo si usas agarosas especiales (caras), pero como asumo que si estás leyendo esto...tu caso se encontrará entre los más comunes vamos a ahorrarnos esos extremos.  ¿Fragmentos grandes? agarosa al 1%,  ¿fragmentos muy pequeños? agarosa al 2%.   ¿No lo sabes? Pues empieza por el 1% y ajusta según lo que obtengas... Ensayo error, lento si... Pero así son las cosas.

¿TAE o TBE?.
Los humanos somos seres duales, nos gusta el enfrentamiento. Madrí Barsa. Vetis SeBilla. Pokémon Digimón, Estartreck, EstarWars, iOSh Androido....    ¿TAE o TBE?   ¡TAE A MUERTE!
Bueno no, son buffers similares y pueden usarse con cualquier tipo de agarosa... pero tienen propiedades distintas (si de verdad, os lo juro por pronadisa) Los TAE tienen baja fuerza iónica  y tamponan peor.  El TBE tiene una alta capacidad tamponante y mucha fuerza iónica.  Así que....  ¿Tus fragmentos son grandes y vas a correr el gel en menos de 25-30 min? ¡Dale al TAE!  ¿Cómo dices?, ¿Que son pequeños y para separarlos tienes que poner el gel casi una hora? Uf, entonces eres de TBE!

Ambos sirven para electroforesis analíticas, pero recuerda que el TBE tiene menor movilidad y dará mejor resolución para fragmentos menores a 1Kb. Mientras que con fragmentos mayores a 10kb el TAE te dará mayor resolución.     Respecto a la concentración... os diré que a más alta, más calentamiento y a más calentamiento más posibilidad de catástrofe.  La cosa suele girar entre 1X y 0.5X  Y supongo que en vuestros laboratorios lo preparan en cantidades industriales....así que tendréis que adaptaros.
¿Y con las preparaciones preparativas? Lo siento, pero aquí es TAE para todos... el TBE usa boro que puede fastidiar la posterior extracción de ADN.

¿Qué voltaje poner?.
La norma dice que: "El voltaje recomendado es 4-10 votl/cm (distancia entre el ánodo y el cátodo, no longitud del gel) en electroforesis horizontal."  En mi caso tengo una cubeta con voltajes "pre-fijados" así que no he tenido que llevarme la regla de BrEt...   Pero simplifiquemos.

Poco voltaje: La movilidad de las bandas se reduce, y tienden a ensancharse y difundir como pobres manchurrones difusos.
Demasiado voltaje: Disminuye la resolución, culpa del sobre-calentamiento del gel.   (realmente sigo debatiendo internamente la diferencia entre resolución y separación...)

Por lo cual, si le damos caña moveremos "todo el conjunto de bandas hacia abajo" pero si es demasiado las seguiremos viendo juntas pero muy abajo. Y si le damos poca caña, tendremos una mancha blanca difusa hacia los lados del carril que se extenderá haciendo imposible diferenciarla.
Por lo cual tenemos que probar.... Si nuestros fragmentos son grandes, una intensidad mediana será suficiente... Si son pequeños, necesitaremos más voltaje para separar rápido..pero con cuidado de no cargarnos el invento y perder muestras huidas...

¡Quiero más resolución, más más!.
Haz un gel fino...pero fino fino que luego se te caigan los goterones de sudor al pasarlo al Gel Doc... 3-4 mm es lo recomendable para mejorar la resolución...y amigos eso hablando de algo que polimeriza a temperatura ambiente es todo un reto de cocina... Pero bueno, con ir haciendo algo más fino del habitual "llenado de molde que no rebose" ya mejorará la cosa.  Otro aspecto a cambiar para ganar resolución es usar el peine estrecho, en lugar de los dientes anchos.  ¡Peine de dientes finos para afinar!

Fundir la agarosa...Pues en mi casa la funden en....
¡Nadie lleva la razón! Bueno depende...

Microondas: Rápido y cómodo.(que burbujee y que se vea totalmente transparente! (guiño guiño para @phoenix7003 por su consejo)
Baño caliente en ebullición: Más cómodo con altas concentraciones de agarosa, evitar grumos.
Autoclave: Sello de calidad, lento y coñazo pero la única forma de tener perfecto geles de +2%agarosa (¡¡y además estériles!!)

Extras:
¿Espuma en tu agarosa líquida?
-Deja que el polvo de agarosa hidratar en el buffer durante 10-15 min para que se hidrate antes de llevarlo a calentar para su disolución.
¿Bandas onduladas (sonrisa feliz, cara triste)?
-Puede que el peine no esté bien limpio, y queden restos secos pegados a él. También puede que al retirar el peine arrastre parte del gel, prueba a poner un poco de tampón cubriendo antes de extraerlo. Otro consejo aplicable siempre es que dejes el gel una vez sólido a 4ºC en la cámara fría (cuidado con el BrEt!) durante 15 o 30 minutos antes de usarlo.

viernes, 10 de octubre de 2014

Epigenética, la secuencia no lo es todo

Entrada invitada cortesía de @phoenix7003


El término mutación es muy usado, pero, ¿las mutaciones qué son exactamente, y cuántos tipos hay? 
Las “instrucciones” del ser humano, y de casi todos los seres vivos, se encuentran en el genoma, dentro de el ADN. Este ADN tiene una secuencia concreta y por tanto es especifica. Con relación a esto las mutaciones no son ni más ni menos que un cambio en la secuencia del ADN. Vamos a verlo con un ejemplo lingüístico. 

Tenemos la siguiente frase: 


Haciendo una metáfora y salvando las distancias, si esta frase estuviera escrita en el ADN sería una secuencia, donde cada una de las letras permitiría que se expresara una información concreta. Cuando se produce una mutación esto cambia, lo que ahora provocaría que la información no se entendiera correctamente. 


La letra en rojo sería la mutación, donde un cambio en la secuencia de letras haría que la frase ya no tuviera sentido. En el genoma la secuencia de ADN la constituyen 4 bases nitrogenadas: Adenina, Citosina, Guanina, Timina. Estas bases se ordenan con una secuencia especifica y según esta secuencia se sintetizaran unas proteínas u otras que realizarán un amplio número de funciones en la célula. Como ya hemos visto antes, la mutación provoca el cambio en la secuencia haciendo que ahora el ADN no contenga la información correcta y la proteína que debería sintetizarse no lo haga correctamente. Esto lleva a que esa proteína no pueda realizar su actividad o que tenga una actividad distinta a la que tenía originalmente. Este tipo de mutaciones son génicas y no silenciosas. Pero además de éstas existen muchos otros tipos de mutaciones. Como para entrar en todas habría que escribir algo tremendamente largo y aburrido, explicaré solo una de ellas y me centraré en lo que realmente quería contar... ¿qué es la epigenética

Bien, otro tipo de mutación son las silenciosas. En estas mutaciones ha habido un cambio que altera la secuencia pero la información se recibe igual. Usando el ejemplo anterior

(Lamento mucho el dolor de ojos)

En este caso vemos cómo la secuencia ha cambiado. pero a diferencia del caso anterior la información que llega es la misma ya que la frase sonaría igual, (vale que la B y la V se pronuncian ligeramente distinta, pero me tomo la licencia para el ejemplo). En el caso del ADN, estas mutaciones silenciosas cambian también la secuencia del ADN pero no tienen efecto fenotípico, es decir la proteína se sintetizaría igual. 

Una vez teniendo en la cabeza estos conceptos, hablemos de epigenética. La epigenética hace referencia también a mutaciones, pero en este caso un tipo especial de mutaciones. Las mutaciones epigenéticas no son un cambio en la secuencia como hemos visto anteriormente, son mutaciones que afectan a todo aquello que no sea la secuencia del ADN. De nuevo usando la frase anterior como ejemplo.



Las frases son la misma, es decir la secuencia es la misma, lo que ha cambiando en este caso es la separación en las letras, el tamaño de la letra o el color de las mismas. Esto no supone un cambio en la secuencia pero sí dificulta su lectura. Esto mismo ocurre con las mutaciones epigenéticas en el ADN.

Antes, para explicar como funciona la síntesis de una proteína he simplificado, pero como todo en la biología, no es tan simple. La forma en que se expresa o lee un gen no solo depende de la secuencia sino también de otras muchas cosas como por ejemplo si está condensado, lo que depende a su vez de la adición de grupos metilo o acetilo a las histonas, proteínas que participan en la condensación del ADN. La metilación o acetilación también se puede dar directamente sobre los genes y esto también se considera un cambio epigenético. 

Con este post no se pretende más que dar una pequeña visión de lo complejo que es el ADN y sus mecanismos de expresión, y que a pesar de que el genoma es prácticamente igual para todos los humanos, estos mecanismos epigenéticos y otros mecanismos son la causa de que todos seamos tan distintos y a la vez tan iguales. 


"Este post participa en la XXXIII edición del Carnaval de Biología, que hospeda @CEAmbiental en su blog Consultoría y Educación Ambiental" 

viernes, 19 de septiembre de 2014

Eventos y noticias.

Déjame hablarte sobre el miedo. Tu corazón late muy rápido, puedo sentirlo en tus manos. Una gran cantidad de sangre y oxigeno se bombeada hacia tu encéfalo, es como combustible para cohetes. Ahora mismo  puedes correr más rápido y luchar más ferozmente que nunca. Puedes saltar más alto que en toda tu vida y estás tan alerta que casi sientes que puedes ralentizar el tiempo.
¿Qué hay de malo en tener miedo? ¡El miedo es un superpoder! ¡Tu superpoder! Hay un peligro en esta habitación. ¿Y sabes que? Eres tú.   
Dr Who
Estoy asustado, ¡¿para qué lo vamos a negar?!  Pero no es malo, o eso me repito una y otra vez...   ha sido un año, o dos o mejor dicho 3... Duros y no creo que la cosa vaya a cambiar. De aquel glorioso 2012 con dos congresos, posibilidad de artículo y descubrimiento de posible especie nueva, con una adaptación si...pero con un buen resultado mejor del qué pensé.... Se pasó a una total sequía de triunfos, sobreviviendo día a día y finalmente tocando fondo y rindiéndome ante lo que era inevitable. El TDAH.

En cualquier caso, entre tanto desierto llegó Wagner de la mano de mi bioquímica favorita y casi a la vez algo que no me esperaba. Gané uno de los accésit del evento  Ciencia Jot Down 2014.


Fue una pequeña bocanada de aire fresco...de la que no conté nada porque quería hacerlo.. en Bilbao. Si, en el Evento Naukas Bilbao 2014.

Hablar sobre algo con lo que no trabajo directamente en el laboratorio me produce cierta inseguridad, que sumada a mi estrés casi crónico del último año me hacen sentir algo asustado... Pero no, han sido varias decenas de papers, otros tantos documentos históricos, un libro... y mucho esfuerzo por documentarme sobre algo de lo que queda poco material tras la 2GM, por eso en realidad tengo bastante seguridad sobre lo que conozco del tema, y sobre lo que no conozco...está la pseudo-tranquilidad de saber que tampoco otros lo saben, ya sea por temas de falta de investigación o por que los documentos han sido destruidos. Sin embargo el tema me ha parecido algo alucinante sobre lo que me gustaría escribir y hablar...   ¿Queréis saber más de este y otro montón de charlas divulgativas?... Pues no dejéis de seguir el evento, ya sea por Twitter, streaming o en directo...

Pulsa para Programa definitivo

Otro tema del que quería hablar es sobre una serie de entradas que quiero ir publicando en Naukas. Me apetecía escribir sobre bacterias haciendo un poco de "ciencia ficción", y este es el resultado. La idea es sacar dos capítulos más lo antes posible (Pulsa para acceder):

Interacciones ecológicas y geopolíticas en nuestra boca. 1ª Parte







martes, 29 de julio de 2014

Una colonia bacteriana en 3D "Extended Depth of Field"


Habitualmente me gusta sacar algún tipo de utilidad al material viejo que va a ir al autoclave y luego a la basura. El otro día le tocó a la placa de la imagen que veis arriba.  Se trata de un cultivo de posibles metilobacterias. El medio que utilizo para ellas tiene una curiosa propiedad al secarse, forma cristales de lo que supongo es sal.
Aunque la matriz de agar mantiene el agua atrapada bastante bien, al final termina por secarse lentamente. Cuando esto ocurre normalmente el volumen de del medio de cultivo se reduce, quedando una fina lámina seca como un papel.  Sin embargo este medio de cultivo antes de llegar a ese extremo forma los ya mencionados cristales.  Esto se traduce en un aumento de la concentración de solutos al que las bacterias se adaptan con mayor o menor éxito.  
En cualquier caso las colonias terminan por secarse, cambiando su aspecto y muchas veces arrugándose sobre si mismas como una hoja de un árbol al secarse. 
                       
En esa foto hay dos ejemplos que me han parecido bastante bonitos, puede verse como la colonia se ha ido retrayendo sobre si misma dejando una huella.    A la colonia con forma de "frambuesa"  le hice un par de fotos más.                                                                                                                           
Una de ellas la he mandado a un concurso de fotografía, a ver si hay suerte y puedo comprarme una cámara nueva.  Con las otras decidí jugar un poco para de camino aprender a manejar algo llamado "Extended Depth of Field" un plug-in  de imagej

Lamentablemente no hice suficientes fotos para conseguir un buen resultado... Estoy deseando volver a intentarlo en septiembre.  

Abajo tenéis el resultado. 









 El material y las instrucciones para utilizar todo esto,  aquí.