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viernes, 17 de mayo de 2013

Bacillus thuringiensis el insecticida vivo

Bombyx morí Departamento  de Microbiología US, JJ Gallego

Bacillus thuringiensis es una bacteria Gram positiva formadora de esporas que suele vivir en el suelo, las superficie de las hojas y el intestino de muchos insectos. Algunas cepas tienen la capacidad de formar unos cristales durante el proceso de esporulación llamados cristales paraesporales que tienen actividad toxica en muchos insectos. 

Pongo un pequeño extracto del blog "Curiosidades de la Microbiología" donde se explica perfectamente el proceso:

"Como se ha indicado antes, B. thuringensis puede encontrarse en la superficie de las plantas, generalmente como esporas. Supongamos que sobre esa planta hay una oruga de lepidóptero comiéndosela. Junto con la materia vegetal la oruga engulle las esporas de la bacteria. Una vez llegan al tracto digestivo, allí se encuentran con un pH alcalino que provoca la disolución y activación de la proteína cristalizada. Esta proteína es un tipo de enterotoxina, a la que se la denomina como toxina Cry. La toxina se une a las células del tubo digestivo destruyéndolas y causando la muerte del insecto. Ahora la espora bacteriana se encuentra en el interior de un cadáver, lo que significa que tiene un montón de comida disponible, por lo que puede germinar, multiplicarse y volver a formar nuevas esporas."


Pues bien, durante las últimas semanas mis vecinas de laboratorio han estado trabajando con este bicho sobre gusanos de seda (Bombyx morí), y aunque yo conocía la teoría del proceso jamás lo había visto en directo. Existen toneladas de artículos sobre esta bacteria en la red, ya que es muy importante como pesticida natural, así que en lugar de contar más cosas sobre ella, dejaré algunas fotos que he ido haciendo de los efectos para los que, como yo, nunca lo habían visto más allá de la teoría.


 Departamento  de Microbiología US, JJ Gallego







sábado, 5 de enero de 2013

Nueva forma de "resistencia" a los antibióticos en bacterias que no son resistentes.


Algunas estirpes patógenas peligrosas son muy resistentes a los antibióticos como por ejemplo las MRSA o las NDM-1.  Sin embargos hay otras que persisten en los pacientes aún sin contar con resistencias.  Estas bacterias aún sufriendo la acción de las drogas logran que un pequeño número de ellas se "desconectan" sobreviviendo a la acción del antibiótico, lo que les permite que la infección persista y reaparezca cuando cese el tratamiento....

Sin embargo ahora algunos investigadores piensan que ocurre todo lo contrario, las bacterias supervivientes parece que aceleran su ritmo de multiplicación bajo la acción del antibiótico. Para el estudio se uso Mycobacterium smegmatis un pariente cercano de M. tuberculosis, bacteria causante de la tuberculosis humana. 
Según los métodos tradicionales todo habría indicado que una población sometida a un tratamiento antibacteriano sufría grandes bajas y las supervivientes "apagaban" sus motores a la espera de mejores condiciones. Sin embargo usando técnicas de: timelapse, microcopia, y cultivos en microfluidos (situación controlada similar a la que ya nombramos en Naukas) se comprobó que la historia era bien distinta. 
Las bacterias fueron expuestas durante 10 días seguidos a la acción del antibiótico soportando sus efectos. Aunque todas las bacterias poseen la misma información genética, se observó que aquellas que sobrevivían a la acción del antibiótico, lo hacían por diferencias en la expresión de determinados genes. Lo que parece indicar diferencias epigenéticas.  Las diferencias epigenéticas en poblaciones clónicas es muy importante pues permite sobrevivir a los ambientes cambiantes.
Como parece que la supervivencia no está ligada a cambios genéticos permanentes, existe esperanza frente a la aparición de resistencias peligrosas nuevas. Sin embargo esta capacidad para sobrevivir antibióticos sigue siendo una carta en la mano de los patógenos para finalmente generar resistencias.  

jueves, 3 de enero de 2013

Microorganismos y conservación del patrimonio. El caso de Rubrobacter


La conservación del patrimonio es algo importante no sólo por el valor estético, sino por la historia que tan importante que cuenta sobre nosotros. Obviamente a las bacterias, los hongos y otros microorganismos no les importa demasiado que una pared esté adornada con un fresco centenario, por eso cada vez más la conservación de edificios históricos empieza a ser un territorio también para la microbiología 

 Primary bioreceptivity test showing differential colonization
depending on the intrinsic characteristics
of each substratum, mainly on the surface roughness
Uno de los grandes problemas en la conservación de revestimientos, frescos, fachadas y otros adornos hechos en cal, es la perdida de los colores originales. La decoloración produce daños estructurales que  pueden deberse a la destrucción de los pigmentos originales, o a la formación de biopigmentos como la clorofila, los carotenos o la melanina.
Imagen 1 Colonización por biofilms de
vidrieras.



En algunos casos estos pigmentos de origen bacteriano llegan a formar una pátina estable al incluirse como partículas bioactivas en oxalatos, carbonatos, yesos, hierro y óxidos de manganeso. Tenemos bacterias que llegan a incluir sus biopigmentos incluso en vidrieras.

Pero en esta entrada nos vamos a centrar en unos microorganismos que causan decoloración rosada en murales y otros revestimientos pintados sobre piedra o cal.

Tradicionalmente el estudio de las biopelículas bacterianas que causan decoloración rosada, se ha hecho mediante toma de muestras y posterior aislamiento en laboratorio. Por desgracia parece ser que en este caso, como en muchos otros, la mayoría de los microorganismos causantes de esta degradación no llegaban a crecer en cultivos... Claro, de esto se dieron cuenta cuando se empezaron a usar métodos moleculares, más concretamente la secuenciación masiva de los biofilms presentes en las zonas degradadas, y no fue poca la diferencia... Se encontraron entre un 9 y un 90% de secuencias que no correspondían a lo que inicialmente se había aislado en el laboratorio.

De este 90% un 70% correspondía a un mismo género conocido como Rubrobacter.

El género Rubrobacter pertenece a las Actinobacterias que son muy abundantes en los monumentos deteriorados y particularmente interesantes en cuanto a biodeterioro, debido a que su naturaleza micelial, les confiere una gran capacidad de penetración en el sustrato. Además, producen como metabolitos secundarios pigmentos y sustancias bioactivas, que inhiben el crecimiento de otros microorganismos y posibilitan el crecimiento de las cepas productoras. También son capaces de inducir la cristalización de sales y formar eflorescencias, las cuales contribuyen en gran medida al deterioro.(1)

El género Rubrobacter se enmarca en las Gram positivas con alto contenido en G+C, actualmente el género contiene 4 especies, la más reciente (R. bracarensis) aislada por el IRNAS-CSIC Sevilla hace unos meses (2).
Phylogenetic tree, based on 16S rRNA gene sequences, showing the relationship between strains VF70612 S1T, VF70612 S4, VF70612 S5 and species belonging to the subclass Rubrobacteridae. Fuente


El lugar original donde se encontraron estas bacterias de forma "natural" es de lo más curioso. Casi todas ellas fueron aisladas en aguas termales contaminadas, algunas incluso radioactivas. Esto hace que su cultivo en laboratorio sea muy complejo, siendo las condiciones óptimas de crecimiento un pH cercano a 8 y 60ºC durante varios meses.  En el caso de R radiotolerans y R. xylanophilus además se produce la formación de pigmentos rosados propios de bacterias halófitas, que son los que dan ese color a los biofilms que degradan los murales. 
¿Qué pigmento son?, pues parece que se trata de bacterioruberinas y monoanhidro-bacterioruberinas. Pigmentos derivados del licopeno, precursores del retinal, que suele formar el "ojo de las bacterias" o bacteriorodopsina. 



Bacterioopsin-Mediated Regulation of Bacterioruberin Biosynthesis (Fuente)

Por si os interesa también os pongo la estructura 3D del pigmento en cuestión
Architecture of the trimeric phR–bacterioruberin complex. Fuente

Una vez aclarado el origen del color rosado que esta fastidiando la herencia cultural, os hago una pregunta... ¿no veis curioso el lugar donde se aislaron inicialmente estas bacterias frente al lugar donde ahora las estamos describiendo? Los investigadores se preguntaron esto mismo.
¿Cómo unas bacterias propias de manantiales calientes, aguas fuertemente contaminadas e incluso radioactivas, crecen en las frías y secas paredes de los murales de muchas iglesias?

Se comprobó que la temperatura en las zonas afectadas por Rubrobacter era de 15ºC y muy estable, se descartó también la presencia de radiaciones de cualquier tipo, y llegados a este punto los investigadores pensaron que quizás ocurría algo parecido al caso de Deinococcus
Deinococcus radiodurans es una bacteria que tolera dosis de radiación altísimas, llegando a vivir en centrales nucleares o cementerios de residuos nucleares. Durante mucho tiempo los biólogos evolutivos se preguntaban que sentido tenía que una bacteria fuese capaz de soportar tales dosis de radiación en un mundo donde de forma natural nunca se daban casos donde esa resistencia pudiese ser una ventaja.  Sin embargo se descubrió que la resistencia a la radiación era una ventaja colateral de la adaptación a la desecación. Y es quizás este el mismo caso de Rubrobacter radiotolerans y sus hermanas, puede que esa tolerancia a la desecación le ha dado la ventaja para colonizar las paredes secas y cargadas de minerales de nuestras capillas e iglesias.  Quizás para una bacteria no exista mucha diferencia entre una pared pintada con un bello mural y un río contaminado...

ResearchBlogging.org (1) Presencia de actinobacterias del género Rubrobacter en tumbas de la Necrópolis de Carmona
L. Laiz, V. Jurado, E.A. Akatova, J.M. González y C. Saiz-Jimenez
Instituto de Recursos Naturales y Agrobiología de Sevilla, CSIC. Apartado 1052, 41080 Sevilla 
http://digital.csic.es/bitstream/10261/39123/1/Presencia%20de%20actinobacterias%20del%20género%20Rubrobacter.pdf
(2)Jurado V, Miller AZ, Alias-Villegas C, Laiz L, & Saiz-Jimenez C (2012). Rubrobacter bracarensis sp. nov., a novel member of the genus Rubrobacter isolated from a biodeteriorated monument. Systematic and applied microbiology, 35 (5), 306-9 PMID: 22776713

Imagen 1: Guadalupe Piñar, Maite Garcia-Valles, Domingo Gimeno-Torrente, Jose Luis Fernandez-Turiel, Jörg Ettenauer, Katja Sterflinger, Microscopic, chemical, and molecular-biological investigation of the decayed medieval stained window glasses of two Catalonian churches, International Biodeterioration & Biodegradation, Available online 15 May 2012, ISSN 0964-8305, 10.1016/j.ibiod.2012.02.008.

Keywords: Stained glasses; Biodeterioration; Bio-pitting; Patinas; Mineral precipitation; Microbial communities; Molecular methodsSchabereiter-Gurtner C, Piñar G, Vybiral D, Lubitz W, & Rölleke S (2001). Rubrobacter-related bacteria associated with rosy discolouration of masonry and lime wall paintings. Archives of microbiology, 176 (5), 347-54 PMID: 11702076


Esta entrada participa en el XIX carnaval de la Biología que se celebra en La fila de atrás.
Esta entrada participa en la XX edición del Carnaval de Química organizado por @bioamara en el blog La Ciencia de Amara

jueves, 29 de noviembre de 2012

¡ Encuestas, Búnkers y esporas ! Bacillus subtilis la bacteria estadista

Esporas de un Bacillo indeterminado vistas a 100x Son las "bolitas" blancas, se ven así pues su pared no deja entrar a la tinción.


Bacillus subtilis es una bacteria común del suelo que forma una endospora cuando la comida escasea. No es patógena, aunque sus endosporas son muy resistentes sobreviviendo a muchos procesos de descontaminación.  Pero lo que nos interesa es la formación de las endosporas.  
En la naturaleza existen muchísimas formas de superar los periodos de escasez, la formación de endosporas es uno de ellos, está mediado por Spo0A un regulador maestro responsable de dar inicio a la proceso de formación de esporas. Hay muchísimos genes implicados en el proceso, un proceso largo y complejo, que implica duplicar el ADN, y producir un extra de estructuras celulares que con una pequeña cantidad de reservas de nutrientes sirvan para reactivarse cuando pase la mala época.


Podemos poner un ejemplo humano. En nuestro caso será el de una ciudad que suele vivir constantes ataques y catástrofes. Con el tiempo la gente ha aprendido, y todos poseen búnkers en el campo. Sin embargo no siempre pueden tenerlos habilitados. Preparar un búnker requiere varios días de trabajo, e irse a vivir al búnker sin que ocurra ninguna catástrofe implica que te despidan del trabajo (estás demasiado lejos para ir a la ciudad) y con ello morir de hambre. 

El dilema no es ni mucho menos simple, la gente debe llevar maquinaria (proteinas), reparar las paredes y estructuras del búnker (septo separador), llevar una copia de sus datos personales (copia del genoma) y por supuesto algo de comida.  La cosa se complica más aún si os digo que nunca se sabe a ciencia cierta cuando va a ocurrir la catástrofe. Todo son comentarios y habladurías por el barrio. 
"-Ayer vi un avión...eso es que se avecina bombardeo"
"-El otro día el viento parecía muy calido, mi abuelo siempre decía que 'viento caliente tifón en la frente"
"-He ido al super, y el dueño estaba llevándose todas las patatas fritas, ¡ es señal de escasez !"

Ante tantos rumores nuestros ciudadanos nunca saben qué hacer, algunos no se creerán nada, y cuando llegue la catástrofe les pillará por sorpresa, otros muy asustadizos se irán al búnker a la primera de cambio, y morirán allí de hambre, o saldrán cuando esté la cosa ardiente.

¿Cómo logra solucionar este problema nuestra bacteria? Bacillus subtilis, hace algo inteligente y que a nuestros ciudadanos de la metáfora anterior nunca se les habría ocurrido. ¡ Encuestas ! 
Mediante procesos, seguramente de QS, las bacterias consultan continuamente las señales de toda la comunidad, pero no es tan fácil...las comunidades de B. subtilis son de miles de millones, el ruido es espantoso...Existe un gran problema de muestreo estadístico. Si la bacteria espera una señal clara, precisa y segura de que el alimento se ha terminado y debe formar la endospora, ya no tendrá tiempo de hacerlo. La decisión de formarla debe ser tomada antes de estar segura al 100%. 
Lo que parece que sucede es que B. subtilis comienza la preparación de la endospora incluso mientras no está decidida a formarla y mediante un sistema de "feed forward", ¡ realiza promedios de las señales que le llegan durante un largo periodo de tiempo ! Pudiendo en cualquier momento si retrasar, parar o acelerar la formación de la endoespora. Esto le permite tomar decisiones precisas en base una media de las señales que le llegan, sin retrasarse ni dejarse influir por el ruido general de la colonia.
A mi personalmente me parece asombroso....

Colonia de B. subtilis foto por M. Fujita/UH PNAS
En la foto podemos ver una colonia de Bacillus subtilis, se usaron marcadores fluorescentes para mostrar la expresión de genes que forman esporas. Podemos ver bacterias en todos los procesos de la esporulación, y sin embargo el medio es el mismo para todas y los nutrientes también. Podemos ver no esporulantes (azul oscuro casi verde) y las que están empezando a formar esporas (amarillas y la zona de la endospora en rosa)


ResearchBlogging.orgNarula, J., Devi, S., Fujita, M., & Igoshin, O. (2012). PNAS Plus: Ultrasensitivity of the Bacillus subtilis sporulation decision Proceedings of the National Academy of Sciences DOI: 10.1073/pnas.1213974109




estadista s. com.
  Persona especializada en asuntos concernientes a la dirección de los Estados o instruida en materias de política
  Jefe de un Estado.
  Persona que se dedica a la estadísticaestadístico.
Diccionario Manual de la Lengua Española Vox. © 2007 Larousse Editorial, S.L.



AMPLIACIÓN.

Ampliamos la entrada con la foto con total detalle de una espora de B. subtilis.
Créditos de fotografía: Patrick Eichenberger, New York University (NIH/NIGMS Galería de imágenes)













Esquema de una endospora. Crédito: Cornell University




























Podemos ver las cuatro capas que componen la protección de la espora, y que permiten sobrevivir situaciones ambientales que matarían normalmente a las bacterias. Estas situaciones incluyen temperatura alta, irradiación UV intensa, desecación, daño químico y la acción enzimática.

Pero no sólo os traigo esta foto cortesía de la ASM, además os traigo un vídeo en el que se muestra en directo la acción de los genes que responden al estrés. En él podemos ver como estos genes están siempre activos, pero varían su intensidad si la situación empeora dándole a la bacteria la capacidad de estar siempre alerta pero dejándole hacer mientras tanto vida normal. 

Michael Elowitz, Caltech University Pulsating response to stress in bacteria

Al unir proteínas fluorescentes al circuito genético responsable de la respuesta a estrés, los investigadores pueden observar el uso de estos genes como destellos verdes. Este video se muestran células multiplicándose a lo largo de más de 12 horas.

En respuesta a un ambiente de estrés por falta alimento carente, B. subtilis activa un conjunto de genes que le ayudan a responder a las dificultades. En lugar de activar esos genes sólo cuando la comida falta como se pensaba anteriormente, los investigadores descubrieron que las bacterias activan y desactivan continuamente estos genes, aumentando la frecuencia de estos pulsos cuando la cosa empeora.


miércoles, 28 de noviembre de 2012

Mycoplasma



El facebook de la Sociedad Americana de Microbiología suele poner fotos geniales, ayer vi una que me gustó bastante, una foto de Mycoplasma, una bacteria "especial".

Mycoplasma era hace unos años considerada la bacteria de vida libre más pequeña y con el genoma más corto, lo que animó a Craig Venter a crear la "primera célula sintética", a la que se llamó Mycoplasma laboratorium. Lo pongo entre comillas para resaltar que los medios exageraron el acontecimiento, ya que la bacteria creada, era parcialmente sintética.  Venter generó el genoma completo y lo insertó en una célula de Mycoplasma a la que se le había extraído todo el ADN previamente, lo que implica que no somos capaces de construir toda la maquinaria celular. Generar un genoma sintético no es generar una célula sintética. (Aunque no deja de ser increible hacerlo lo primero..)

Otra peculiaridad de Mycoplasma, es la ausencia de pared celular.  Muchos antibióticos como los beta-lactámicos (penicilina y derivados) actúan sobre la síntesis de pared celular, por lo que Mycoplasma es inmune a ellos.
¿Qué enfermedades se le asocian a Mycoplasma?  Es una pregunta quizás muy amplía, sobretodo asumiendo que Mycoplasma es un género con muchos y distintos representantes.
De todas formas sin entrar en mucho detalle podemos decir que Mycoplasma se relaciona (de manera más o menos acertada) con varias enfermedades crónicas, como por ejemplo: síndrome de fatiga crónica, fibromialgia, síndrome de la Guerra del Golfo y artritis reumatoide. Existe correlación entre las enfermedades y presencia de Mycoplasma, pero esto hay que tomárselo con cuidado ya que "cum hoc ergo propter hoc"correlación no implica causalidad»). 
De forma más clara se les relaciona con muchas enfermedades asociadas a animales (pneumonia enzoótica porcina, mastitis bovina, perineumonía contagiosa bovina, etc) Y por supuesto en humanos (neumonía atípica, enfermedad pélvica inflamatoria, etc, etc) En el caso del ataque al tracto respiratorio, se da por la adhesión de la bacteria a las células inutilizando los cilios y destruyendo el epitelio respiratorio.
Mycoplasma tiene un genoma muy pequeño, lo que en el caso de los endoparásitos obligados le ha llevado a perder genes vitales, lo cual le limita su ciclo de vida al interior de la célula del huésped donde  hace uso de los recursos necesarios para su desarrollo.
Pero parece que no todo es causar enfermedades ya que puede formar parte de la microbiota intestinal de forma normal como bacteria comensal que no llega a penetrar las células epiteliales

Y bueno, la excusa para contar todo este montón de datos sin mucho interés:

Micrografía electrónica de barrido que muestra a Mycoplasma (coloreado de rosa) en la superficie de osteoblastos, células que están implicadas en la creación de hueso nuevo.


Por cierto, ¿qué diríais sobre Mycoplasma?, ¿Gram positiva o Gram negativa?

Bueno, han pasado unos días os dejo "la respuesta" realmente no existe respuesta, estas bacterias carecen de pared por lo cual no pueden identificarse usando tinción de Gram, sin embargo podemos tirar de información genética. Y como podemos ver... Es casi, ¡ casi hermano de Bacillus subtilis ! Una Gram positiva... ¡ qué pequeño es el mundo !
Oshima, K., & Nishida, H. (2007). Phylogenetic Relationships Among Mycoplasmas Based on the Whole Genomic Information Journal of Molecular Evolution, 65 (3), 249-258 DOI: 10.1007/s00239-007-9010-3


“Esta entrada participa en la XVIII edición del Carnaval de Biología, organizado por Ameba Curiosa” 





martes, 24 de mayo de 2011

Una segunda oportunidad para la penicilina.



Más o menos lo mismo que he escrito, pero en vídeo. Para impacientes.

Cuando los científicos descubrieron la penicilina y otros antibióticos llegaron a pensar que los problemas con las bacterias serían historia en pocos años. Creían que usando antibióticos se terminaría eliminando a todos los patógenos por ello muchos microbiólogos se pasaron a la virología, quedando la bacteriología medianamente desatendida hasta los años 80.

Pero poco a poco empezaron a aparecer bacterias resistentes, al principio con cambiar de antibiótico o modificar un poco el mismo era suficiente, pero luego empezó verse que la velocidad con la que las bacterias se hacían resistentes a distintos antibióticos era mucho más rápida que la que tenía la industria para sacar al mercado nuevos productos, lo que derivó en una política de control en el suministro de los mismos.

Anillo β-lactámico | Wikipedia

Los antibióticos basados en el anillo β-lactámico tienen la capacidad de impedir que la bacteria construya nueva pared celular, la pared celular está por encima de la membrana y es indispensable para la vida de la bacteria ya que evita problemas osmóticos, interviene en la reproducción y en la propia virulencia.

Existen una enorme cantidad de antibióticos que derivan del anillo betalactámico como: penicilinas (bencilpenicilina, fenoximetilpenicilina, aminopenicilinas, etc.. ), Cefalosporinas, carbapenems y monobactámicos. El abuso de todos estos antibióticos y la transferencia horizontal bacteriana aceleró muchísimo la aparición y posterior difusión de genes que confieren resistencia a todos estos antibióticos.

Una de las formas mas peligrosas de resistencia son las beta-lactamasas. Estas enzimas hidrolizan el anillo β-lactámico inhibiendo totalmente el efecto del antibiótico. Existen más de 200 tipos de β-lactamasas identificadas entre ellas la más famosa y quizás peligrosa: NDM-1 (New Delhi metallo-beta-lactamase) capaz de inutilizar casi a todos los antibióticos existentes.... dejando de lado a esta super-β-lactamasa, encontramos a alguien que se enfrentó a este mismo problema hace ya bastantes años, se trata de Streptomyces clavuligerus.

S. clavuligerus es una bacteria gram positiva del suelo, uno de los medios más pobre en nutrientes y más rico en competidores, esto la ha obligado a desarrollar una agresiva estrategia de producción de antibióticos que le aseguraran la victoria contra otras bacterias que competen por los mismos nutrientes. Sin embargo al igual que nos pasa a nosotros, sus competidores desarrollan resistencias frente a los mismos. Así que a cada nueva defensa que aparece Streptomyces le tiene que aplicar una nueva arma.

Una de estas armas se llama Ácido clavulánico. Este ácido posee un anillo β-lactámico al igual que las penicilinas, con la diferencia de no ser un antibiótico muy efectivo, su función no es matar a la bacteria sino eliminar sus defensas, actuando como un inhibidor suicida. El ácido clavulánico se une a las beta-lactamasas de forma más preferente que los otros antibióticos, así cuando la bacteria produce la enzima esta se ve neutralizada, mientras los antibióticos pueden evitar la construcción de la pared bacteriana.

Gracias a este producto, muchos antibióticos beta-lactámicos tienen una segunda oportunidad, actualmente se suelen administrar de forma conjunta, aunque ya empiezan a aparecer casos de resistencia, y es que la guerra sigue... y las bacterias patógenas no van a darnos tregua.

Esta entrada participa en el V Carnaval de Química el cual se desarrolla en SCIENTIA.


viernes, 3 de diciembre de 2010

Clostridium novyi, un inesperado aliado frente al cáncer




Clostridium novyi es una bacteria Gram positiva, anaerobia estricta y muy patogénica. Según la wiki, se la divide en tres tipos, dos patógenos (a y b) y uno no-patógeno (C). C. novyi es capaz de producir una increíble y variada cantidad de toxinas, en su mayoría hemolíticas, que la dotan de un arsenal letal.
Su mayor limitación reside en el oxigeno, es incapaz de crecer en presencia del mismo, por eso forma esporas resistentes que aguardan a las condiciones adecuadas. Cuando se dan, la bacteria germina liberando toxinas que producen cuadros como la hepatitis necrótica o la enfermedad negra. Aunque estas enfermedades son típicamente propias del ganado, tras leer los síntomas es casi inevitable sentir un gran respeto hacia C. novyi.

Quizás os preguntéis qué tiene que ver esta terrible bacteria con los tumores. Si aún no os hacéis una idea, seguid leyendo...

Los tumores los hay de muchos tipos, cada uno con distintas complicaciones, una de ellas consiste en el crecimiento desmesurado y la ausencia de riego sanguíneo adecuado de muchas zonas del tumor. Estas zonas están fuera del alcance de los fármacos, que suelen viajar por el torrente sanguíneo. Esto implica aumentar la dosis de droga antitumoral, con el consiguiente deterioro del resto del organismo. No olvidemos que la mayoría de químicos anti-tumorales afectan a todas las células, no sólo a las del tumor, por ello llega un punto en el cual aumentar la concentración no es una opción.
Frente a todos estos problemas comenzó a trazarse una estrategia.

Liposomas, un nuevo tipo de munición.

Los liposomas son pequeñas esferas compuestas principalmente de fosfolípidos y colesterol. Dentro pueden llevar desde cosméticos a genes. El tamaño del liposoma está relacionado directamente con la profundidad que puede alcanzar, por ello los investigadores pensaron en la angiogénesis aberrante que se da en los tumores en la cual se generan vasos sanguíneos de un tamaño anormal. Los liposomas cargados de droga-antitumoral serían demasiado grandes para llegar a los capilares normales pero podrían hacerlo casi selectivamente a los formados por el tumor. Esto permitiría aumentar la concentración de droga en zonas concretas protegiendo el resto de tejidos. El problema llegó pronto, para evitar daño en otros tejidos, los liposomas se reforzaron. Los llamados SSL eran liposomas muy estables, tanto que no se liberaba la suficiente cantidad de droga en el tumor.


Clostridium novyi, la evolución de un arma.

Los tumores sólidos suelen tener grandes zonas anóxicas a las cuales como ya hemos dicho no llegan las medicinas, y que además responden mal a la radioterapia. Ya en 1947, algunos científicos intentaron usar esta característica a su favor. Usaron a Clostridium sporogenes con buenos resultados en laboratorio, lo cual les animó a llevarlo al terreno clínico, terreno en el que no se mostró tan útil, llegando a veces a ser peor la solución que el problema.
Después de todos esos años los científicos han dado con una nueva candidata, la llamada Clostridium novyi-NT, una cepa del tipo C la cual se ha atenuado mediante la eliminación de los genes que codifican para toxinas letales.

En las pruebas con animales C. novyi-NT mostró una capacidad increible para invadir tejido tumoral y destruir las zonas más profundas de estos, dejando el resto de tejidos del cuerpo intactos. El problema eran las zonas externas del tumor, las cuales tienen un buen aporte de oxígeno y en las cuales C. novyi-NT era incapaz de germinar, estas zonas a menudo volvía a desencadenar la enfermedad.


Liposomasa, la clave.

Jugando con la hipótesis de que las toxinas hemolíticas podrían romper los liposomas, se descubrió que C. novyi poseía un tipo especial de lipasa, llamada liposomasa. La cual no rompía los liposomas, sino que desordenaba los lípidos que formaban la bicapa, permitiendo la liberación del contenido justo donde se encontraba la bacteria.

Resultado:

Con todas estas armas sobre la mesa se pasó a experimentar.

Un grupo de ratones enfermos fueron tratados con C. novyi-NT más una sola dosis de doxil (una droga anti-tumoral) encapsulada en SSL.
Se observó una regresión de los tumores del 100% ! Y más de dos terceras partes de los mismos se curaron definitivamente. Los experimentos paralelos usando C. novyi-NT y doxil por separado no mostraron grandes efectos. La prueba definitiva fue el experimento de C. novyi-NT más doxil libre. En el cual todos los ratones murieron en dos semanas. Esto muestra la importancia de los liposomas como contenedores que evitan la toxicidad sistémica.

En un lado vemos el tamaño del tumor y al otro el porcentaje de supervivencia. La línea roja de la gráfica se refiere a la combinación de doxil en SSL y C. novyi-NT. El resto corresponen a doxirrubicina libre (verde), C. novyi-NT (morado), doxil libre (azul), sin tratamiento (negro)


Y en esta gráfica vemos las concentraciones de droga anti-tumoral en distintas localizaciones, con la presencia y la ausencia de C. novyi-NT.







Fuentes:
ResearchBlogging.org Cheong I, Huang X, Bettegowda C, Diaz LA Jr, Kinzler KW, Zhou S, & Vogelstein B (2006). A bacterial protein enhances the release and efficacy of liposomal cancer drugs. Science (New York, N.Y.), 314 (5803), 1308-11 PMID: 17124324

ResearchBlogging.org Cheong, I., Huang, X., Thornton, K., Diaz, L., & Zhou, S. (2007). Targeting Cancer with Bugs and Liposomes: Ready, Aim, Fire Cancer Research, 67 (20), 9605-9608 DOI: 10.1158/0008-5472.CAN-07-1565


viernes, 26 de noviembre de 2010

Streptococcus o Staphylococcus ¿Y tu de quién eres?


Comparar es una de las formas más interesantes de dar rienda suelta a nuestra curiosidad, por eso hoy he decidido hacer una entre dos géneros bacterianos bastante conocidos. Streptococcus & Staphylococcus.


Individualmente, vistas al microscopio son prácticamente imposibles de diferenciar. Ambas tienen morfología de coco y ambas son Gram positivas.

La primera diferencia viene en su forma de división, y por ende de formar los agregados. En Streptococcus la división se realiza siempre respecto al eje longitudinal formando largas cadenas flexibles, mientras que Staphylococcus se divide en varias direcciones, formando "racimos" o redes.



Típico enfrentamiento de bandas, observense la forma de los agregados, El color amarillo en la colonia de Stpahylococcus nos dice que probablemente se trate de S. aureus.


Otra forma de diferenciarlos es mediante el test de la catalasa.
Las bacterias aereas tienen que lidiar con productos de desecho metabólicos derivados del metabolismo aéreo. Una de esas moléculas es el agua oxigenada o peróxido de hidrógeno. La toxicidad de esta molécula es altísima, por ello los organismos cuentan con la catalasa que cataliza la descomposición del peróxido de hidrógeno (H202) en oxígeno y agua.
En nuestro caso, Staphylococcus es una bacteria aerea, por lo cual presenta esta enzima. Mientras que Streptococcus es una bacteria anaerobia-aerotolerante. Es decir, no usa oxígeno pero no le molesta demasiado...

Por lo cual si sobre una colonia aplicamos cantidades ingentes de agua oxígenada....


Test de la catalasa- versión de mercadillo-
Siento que la calidad del vídeo-experimento sea tan pésima... Si algún día dispongo de medios, prometo más y mejor


Si observáis, veréis que al entrar el agua oxigenada en contacto con las colonias de la izquierda la reacción es rápida y potente. Son bacterias que provienen de fosas nasales y en su mayoría son bacterias aerobias, mientras que las del lado derecho provienen de la boca, un lugar bastante más propicio para anaerobios aerotolerantes. No se observa correctamente, pero los límites de la "gran colonia" no sufren reacción de la catalasa, y en el centro es mucho menor. La poca reacción que se observa viene producida probablemente, por bacterias filamentosas y levaduras.

Habría que tener en mente la existencia de subespecies de Staphylococcus que dan negativo en este test, la forma de estar seguro pasa por pruebas más complejas y caras, pero bueno con los trucos que he puesto aquí supongo que podréis diferenciar ambos géneros con bastante facilidad.

Como bonus, si cultiváis en una placa selectiva para Staphylococcus, la llamada MSA (agar manitol sal) y os crecen colonias con un típico color " dorado super sayan " lo más probable es, que se trate de la archiconocida S. aureus.

Probable colonia de S. aureus, en actitud super sayan



Fuentes:
http://es.wikipedia.org/wiki/Streptococcus
http://es.wikipedia.org/wiki/Staphylococcus
http://www.fidanoski.ca/medicine/staphylococcus-streptococcus.htm
http://es.wikipedia.org/wiki/Catalasa

martes, 17 de agosto de 2010

Geosmina y Streptomyces

Seguro que alguna vez cuando ha empezado a llover has notado ese olor a "tierra mojada" o "a lluvia" tan característico, sobretodo tras un largo tiempo sin llover. Bien, pues el compuesto causante de ese olor es la geosmina.

molécula de geosmina vía: wikipedia

Y el responsable de la producción de geosmina, en mayor parte es Streptomyces.

Streptomyces es una actinobacteria, con aspecto de hongo filamentoso. Además es Gram positiva de alto contenido en G+C. Los streptomicetos forman un grupo de bacterias de lo más útiles y especiales. Principalmente por ser las responsables de la producción de la mayor y más potente gama de antibioticos, tanto bactericidas cómo anti-tumorales, como por ejemplo: estreptomicina, ácido clavulánico, neomicina, cloranfenicol, etc...


En la foto podéis ver cómo al producir la propia bacteria antibióticos impide que a su alrededor crezca ninguna otra colonia bacteriana.

Además de eso estas bacterias son unas de las primeras en las que se empezó a hablar de funciones "grupales" ya que cuando escasea el alimento toda la colonia colabora para producir antibióticos y enzimas catalíticas. Pero no queda ahí la cosa, lo más sorprendente es, que cuando se comienza a formar las esporas, es toda la colonia la que colabora, siendo sólo unas pocas las elegidas para sobrevivir hasta el año siguiente, al contrario que ocurre con las endosporas en muchos bacilos.

Otros datos curiosos de la geosmina, es que sirve para que los camélidos encuentren agua en el desierto. También es producida por muchas plantas con el objetivo de atraer a posibles polinizadores haciéndoles pensar que se trata de una fuente de agua.

Así que ya sabéis cuando vayáis paseando y comience a llover, acordaos que los mismos que le dan ese olor al ambiente son los que nos proveen de muchos de los antibióticos que solemos utilizar.

lunes, 16 de agosto de 2010

Clostridium difficile y el inicio de la vida.

Desde antaño el ARN se ha considerado cómo un intermediario entre ADN y proteinas, afortunadamente, estos últimos años se han ido descubriendo otras funciones del ARN, cómo los reguladores o los que tienen capacidad catalítica. Aún así muchos científicos han defendido que antes de que el ADN existiera cómo molécula de la información, era el ARN el que cumplía esa función, a esta línea de pensamiento se la llama Hipotesis del mundo de ARN, todo esto viene al caso del descubrimiento hecho en el laboratorio de Breaker, en el cual se ha identificado en Clostridium difficile la existencia y la función de riboswitch, o estructuras de ARN con capacidad de detección de moléculas y control de expresión génica, capacidad que se pensaba sólo tienen las proteínas. Por ello ahora estos científicos piensan que las primeras formas de vida dependerían de tales maquinarias de ARN

C. difficile es un bacilo Gram positivo anaerobio estricto (no puede vivir en presencia de oxígeno) formador de esporas, vive por ejemplo en el intestino humano donde habita en una pequeña proporción, mayor en niños que en adultos. Forma parte de la flora intestinal sana, pero en caso de desequilibrio en dicha flora puede volverse virulento provocando colitis pseudomembranosa. Pues resulta que la maquinaria de ARN juega un papel vital en la relación de esta bacteria con las células del intestino humano, este complicado dialogo molecular usando ARN lleva a pensar a Breaker que el ARN tiene más de la potencia necesaria para llevar a cabo una bioquímica "compleja" según sus propias palabras:
"Hace que la aparición espontánea de la vida en la tierra sea mucho más aceptable"


Visto esto y sin mucho más datos en mi opinión, la colitis pseudomembranosa me recuerda a un tipo de respuesta, no se si mediada por Quorum, pero probablemente implicada en la supervivencia de la bacteria. Quizás es un poco de ciencia-ficción, pero me resulta bastante lógico que C. difficile, perciba el desequilibrio poblacional en el biofilm del intestino, y responda con una esporulación. Suponiendo que censase por medio de quorum el número y tipo de bacterias en la flora, una disminución por antibióticos podría suponer un peligro y la respuesta más lógica de una bacteria anaerobia sería formar esporas y buscar un nuevo sitio donde vivir. Lo cual me recuerda en cierta manera a esta entrada de amazings, pero bueno esto sólo es una reflexión personal sin "casi" ningún fundamento científico.
Para cualquier incongruencia no dudéis en avisar.


Fuentes:



domingo, 4 de octubre de 2009

Conan the bacterium

Deinococcus radiodurans

Deinococcus radiodurans es una bacteria gram positiva perteneciente al filo Deinococcus thermus. Filo que nos ha dado grandes promesas cómo, Thermus acuaticus gracias a la cual tenemos fácil acceso a la técnica del PCR (sin la cual CSI no existiría y bastantes criminales estarían en la calle)
Pero bueno, hablando de D. radiodurans, lo primero que podría sorprendernos son sus hábitats.

  • -Vertederos
  • -Granito degradado en el antártico
  • -En el simple polvo de una habitación
  • -Basura nuclear
  • -Refrigeradores de centrales nucleares
  • -En el instrumental medico esterilizado mediante radiaciones ionizantes.


Esta enorme resistencia a la radiación fue su carta de presentación en 1956, cuando unos científicos descubrieron sorprendidos vida en una lata de carne que había sido bombardeada con radiación gamma suficiente para acabar con cualquier rastro de vida. Gracias a esa enorme y terrible resistencia se ganó el mote de "Conan the bacterium" Según los datos de la wiki, esta bacteria es capaz de soportar 5.000 Gy sin ningún problema, y seguramente sea capaz de soportar sesiones de más de 15.000 Gy, con una alto número de supervivientes viables.

Para hacernos una idea un humano estándar, quedaría fatal tras
recibir 4 Gy, y moriría inevitablemente tras recibir tan solo 10 Gy de radiación. Pensando en la resistencia a la radiación, lo primero que se suele mirar es el ADN. En ese aspecto, D. radiodurans es la bacteria récord del mundo (literalmente aparece en el libro guiness).

Para empezar posee de 4 a 10 copias de material genético (Bacteria prevenida...) además, cuenta con una increíble velocidad de reparación de dicho material, en el tiempo que Escherichia coli repararía unas 4 copias de su material genético, D. radiodurans es capaz de reparar 500.


Para terminar, esta bacteria condensa su ADN en forma de toroide, lo que ayuda a la localización de errores más que si estuviera disperso.


Toroide

Toda esta enorme resistencia a la radiación, no es más que una ventaja colateral de la resistencia a la desecación.
Gracias a proteínas como las LEA (late embryogenesis abundant).
Estás proteínas actúan como chaperonas o escudos proteicos defendiendo al individuo, de choques térmicos, desecación, radiación, etc. Además estás proteínas se han probado en tomates y arroz transgénicos para aumentar su resistencia al estrés por congelación o la desecación. Pero no sólo han sido los tomates destinatarios de la ingeniería genética, D. radiodurans también ha sido propuesta como candidata a basurera nuclear, modificando parte de su ADN se espera que pueda ayudar a la degradación de iones de mercurio y tolueno procedente de las centrales nucleares.
Sus ribosomas también son resistentes a la desecación y por endea la radiación. La subunidad 50S de esta bacteria posee una conformación similar a la de la archea Haloarcula marismortui que habita en el mar muerto en condiciones en las que la salinidad está en puntos de saturación.



Unidad 50S de D. radiodurans

Probablemente, poco a poco se sigan descubriendo más aspectos increíbles de esta bacteria vikinga, y en un futuro como dicen muchos, se convierta junto a los tartígrados en una de las primeras colonas de marte.



Links :D

-Foto de D. radiodurans
-Atlas del genoma :http://wishart.biology.ualberta.ca/BacMap/graphs_cgview.html
-La wiki: http://es.wikipedia.org/wiki/Deinococcus_radiodurans
-Max Plank: http://www.molgen.mpg.de/~ag_ribo/ag_franceschi/franceschi-projects-50S.html
-NCBI: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/12522252?dopt=Abstract
-BMC: http://viaclinica.com/article.php?pmc_id=1274311
-PDB: http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=1NKW