jueves, 23 de agosto de 2012

De anfípodo a bacteria pasando por diatomea.





El  GIF que veis, está compuesto por imágenes de un microscopio electrónico de barrido. Empieza enfocando un anfípodo,  a partir del mismo va haciendo zoom hasta llegar a una bacteria que se encuentra posada sobre una diatomea. El zoom va desde el milímetro hasta los 500 nanómetros. 

Una pequeña curiosidad que me ha sorprendido muchísimo y puede servir para comparar tamaños.
Me enteré gracias a César

Fuente: From Tiny to Tinier: One GIF Zooms in on Bacterial Life

El error del pavo inglés (Crítica)


"Hay algunas extravagancias en el punto de vista desde el cual vemos el mundo. El hecho de que vivamos en el fondo de un profundo pozo gravitacional, sobre la superficie de un planeta cubierto de gases, que gira alrededor de una bola de fuego nuclear que está a 150 millones de kilómetros y nos parezca normal, es obviamente una indicación acerca de cuan sesgada tiende a estar nuestra perspectiva" 

D.Adams

Mi primer contacto con este libro fue en Granada, durante la charla de Tay en las jornadas de "Blogs y ciencia",  Ya allí me encantó la historia de Mr P, un pavo que persigue un sueño imposible.

Cubo de Necker

Tras escuchar aquella historia no pude parar de buscar paralelismos en mi vida...aquí y allá veía "errores del pavo inglés" (aunque luego muchos de ellos no lo fuesen).

Varios años después, el libro ha llegado a mis manos, y qué decir... Me ha fascinado y abierto los ojos en muchos aspectos. Desde los problemas para entender correctamente la evolución, la consciencia y la moral hasta el mismo sentido de la vida, pasando por los zombies filosóficos, los cerdos supersticiosos o las ratas torturadas mostrando una empatía muy humana. (¡ y que no se me olvide, la experiencia de las tostadoras !)

No podría centrarme en un tema concreto dentro del libro, pues incluso en los mismos capítulos el autor se mueve sin descanso desde la física cuántica, la astronomía, la biología evolutiva, la etología o la filosofía de la ciencia... Sin dejar en ningún momento que nos aburramos o nos perdamos _al menos en mi caso_  Sin embargo podría "dividir" por así decirlo el libro en tres partes:

 Una en la que se nos habla de conceptos "abstractos" (sentido de la vida, los problemas que tenemos a la hora de descubrir y entender el mundo...) y de otros conceptos de biología evolutiva que quizás para cierto público sean la parte más árida del libro, pero nada especialmente denso.

 Una segunda parte sobre "nosotros" Digo nosotros, y puede que así, leído rápido, no os diga demasiado. Es más, puede  que penséis en: Nosotros -> Homo sapiens -> Fisiología y bioquímica del organismo.   Pero sería en la mayoría de los casos, falso. Cuando pensamos en nosotros no lo solemos hacer de forma "biológica" sin darnos cuenta pensamos en nuestra "consciencia" Ahora mismo estás hablando con ella (contigo mismo) y puedes pensar "-qué tontería, -yo no pienso en la consciencia " Pero entonces ¿a quién le estás hablando?
"Si estamos acostumbrados a algo... es precisamente a la consciencia, y si ignoramos algo... es precisamente qué es la consciencia"
La tercera parte, según mi forma de ver el libro, se titula La escalera de cristal. Se ocupa de darle a la humanidad un Zas en...que diga un "A tu sitio humano" Está plagada de ejemplos increíbles que van demostrándonos que no somos tan distintos a los animales. Lo hace desde una óptica bastante neutral, cosa que se agradece, sobretodo a los que no queremos leer panfletos políticos pro- o anti- lo que sea.

He dividido en tres partes el libro, pero os estoy engañando. Principalmente porque esas tres partes se tocan y mezclan continuamente sin dejar de sorprenderte, obligándote a ser el centro de atención durante la comida o en el bar mientras cuentas algunos de los fragmentos leídos para dejar a todos sin palabras, ya que a veces cuesta esperar hasta el final de un capítulo para hablarle a tu familia sobre lo que has leído.
"Los ojos no son para ver. Vemos porque tenemos ojos."

Si nuestros ojos fuesen cámaras, y nuestro encéfalo un ordenador... este libro sería el software ideal para añadir un nuevo espectro visual (a lo predators) a nuestra visión.  Así que por mi parte no dudes en buscarlo y leerlo...este es el libro que deberían mandar a los alumnos de instituto  y no todos esos libros aburridos que aportan poco o nada.  Must read  para todos los públicos sin duda.

-Web del autor: Biotay 
-Web del libro: El error del pavo inglés.

jueves, 2 de agosto de 2012

Paleomicrobiología, las bacterias que nos hablan del pasado.





 Es importante conocer de forma detallada toda la información posible sobre los microorganismos del pasado, para ello podemos analizar filogeneticamente las cepas actuales para inferir acerca de sus antepasados, sin embargo la paleomicrobiología ofrece un enfoque alternativo permitiendo un examen directo de los genomas ancestrales.
A través de estos estudios podemos indagar en la evolución de las bacterias comparando: su tasa de mutaciones, la degradación del genoma, plásmidos móviles etc...

La paleomicrobiología deriva de la paleobiología. La paleobiología usa restos de seres vivos para analizar y obtener todo tipo de datos, puede dividirse en muchas disciplinas. Por ejemplo conocemos el aspecto de la vegetación del pasado de forma muy detallada gracias a los estudios paleobotánicos.

Museo paleobotánico de Córdoba 


Sin embargo con las bacterias tenemos un gran problema, y es que no se conservan tan bien como los animales o las plantas. La secuenciación de ADN antiguo (ADNa) es muy complicada, para empezar tenemos muy poca cantidad y con ello el riesgo de contaminación es altísimo. Además los genomas de más de 1000 años sufren procesos severos de degradación, rompiéndose en pequeños fragmentos de unas cientos de pares de bases y desaminándose las mismas, lo que genera falsas identificaciones. 

Por ello para trabajar en paleomicrobiología se requiere la existencia de tejidos conservados dentro de huesos o cadáveres que contengan restos de las bacterias que estaban presentes en el momento de la muerte, y por ello ADNa.  Mediante el estudio del mismo se puede deducir la causa de la enfermedad y lo más importante, el microorganismo que la causó. 

Las bacterias patógenas, virus y parásitos han sido detectados en muestras antiguas desde hace tiempo. Durante los últimos años muchos esfuerzos se han centrado en los estudios de Mycobacterium tuberculosis. En un principio las evidencias usadas eran visuales, especialmente lesiones óseas, más recientemente usando la paleomicrobiología y extrayendo ADNa de muestras de tejido humano antiguo y de esqueletos de bisontes de hace 17.000 años se ha logrado determinar la distribución histórica mundial de la tuberculosis.

Reconstruction  Ötzi may have looked when alive
 (South Tyrol Museum of Archaeology)
Con la peste negra del siglo XIV hubo en su día controversia, se podría dudar de quién era la responsable de tal epidemia, sin embargo recientemente y gracias al uso de la paleomicrobiología se ha descrito la secuencia de Yersinia pestis obtenida de las víctimas de aquella epidemia. Las muestras se extrajeron de la pulpa dental de cuatro personas que murieron entre 1348 y 1349 en Londres, tras varios estudios que debieron lidiar con los problemas asociados a trabajar con ADNa se llegó a la conclusión de que la cepa encontrada en las víctimas tan sólo se diferenciaba de la cepa moderna en 97 SNP, eran bastante parecidas.  

En el futuro la paleomicrobiología podría ayudar a la microbiómica, por ejemplo la secuencia total de ADN de los huesos del hombre de hielo tirolés y el genoma de las secuencias de la microbiota asociadas indicaban que estaba infectado con Borrelia bugdorferi en el momento de su muerte. Con los avances en la técnica podríamos llegar a estudiar como la microbiota ha evolucionado a lo largo del tiempo y como  ello ha afectado a la evolución su anfitrión. 

ResearchBlogging.org Seth-Smith H (2012). Beyond the palaeomicrobiology. Nature reviews. Microbiology, 10 (4) PMID: 22406951

Esta entrada participa en el XV Carnaval de biología, que organiza Hablando de Ciencia